Historie expertní činnosti policie sahá do doby Rakousko – uherské monarchie, kdy dochází k postupnému rozšiřování poznatků různých vědních oborů a jejich uplatňování při objasňování protiprávních skutků různé intenzity. Vzniká tak a postupně se rozvíjí kriminalistika. Až do roku 1958 působí v rámci policie různé instituce, jejichž cílem je provádět expertizy z řady forenzních oborů, např. daktyloskopie, písmoznalectví, apod. Kriminalistický ústav jako takový byl v Praze založen dne 12. prosince 1958 jako útvar tehdejší Veřejné bezpečnosti.
V současné době je Kriminalistický ústav zaměřen na zpracovávání řady znaleckých posudků a jiných expertních vyjádření v rámci probíhajících trestních řízení, a to v celé šíři oborů, které zcela nebo zčásti spadají do oblasti kriminalistiky nebo s ní úzce souvisí. Jako příklad lze uvést trasologii, balistiku, daktyloskopii, chemii, biologii, genetiku, antropologii, apod.
Ústav má důležité postavení také jako vědecké pracoviště, kde se vyvíjejí a zkoumají nové metody pro kriminalistickou praxi.
Jedním z nejmladších oborů, kterým se ústav věnuje, je kriminalistická počítačová expertiza, která se samozřejmě mohla rozvinout až s vývojem a využíváním počítačů. Cílem tohoto oboru je analýza obsahu dat v počítačích různých typů i na datových médiích, včetně mobilních telefonů. Mezi nejvíce žádané expertizy patří bezesporu genetická analýza, tj. zejména analýza DNA umožňující identifikaci osoby. Speciální laboratoř provádí také srovnání vzorků ústních stěrů. 
Kriminalistický ústav rovněž vede Národní databázi DNA, která je užitečným pomocníkem při řešení dosud neuzavřených případů. K nejznámějším oborům, kterým se Kriminalistický ústav věnuje, patří forenzní antropologie, která se začala rozvíjet od druhé poloviny 20. století a zkoumá a identifikuje lidské ostatky. V případě, kdy jsou k dispozici také měkké tkáně, slouží jako významný podpůrný obor, který však nabývá na významu zejména tehdy, je-li případný nález čistě kosterní a řadu kriminalistických metod tak nelze aplikovat (např. daktyloskopii).
Zájemci o vývoj kriminalistiky na našem území mohou navštívit Muzeum Policie České republiky v Praze, v rámci jehož stálé expozice se mohou seznámit s různými kriminalistickými metodami a také nejzajímavějšími konkrétními kriminálními případy.